Die Geschichte Miyajimas hängt eng mit dem Itsukushima-Schrein zusammen, der bereits im 6. Jahrhundert gegründet und im 12. Jahrhundert von Taira no Kiyomori, einem mächtigen Militärführer, in seiner heutigen Form ausgebaut wurde. Der Schrein ist den drei Munakata-Göttinnen gewidmet und galt lange Zeit als heiliger Ort, den normale Menschen nicht betreten durften. Aus diesem Grund wurde der Schrein über dem Wasser gebaut, um den Gläubigen den Zugang zu ermöglichen, ohne den heiligen Boden der Insel zu betreten.
Miyajima war über Jahrhunderte hinweg ein wichtiges Zentrum des Shintoismus und Buddhismus. Der Berg Misen, der höchste Punkt der Insel, wird als heiliger Berg verehrt, und auf ihm stehen zahlreiche Tempel und Schreine, darunter den Daisho-in Tempel, der eine lange Geschichte hat und mit dem Shingon-Buddhismus verbunden ist. Die Insel war auch ein Ort der Pilgerfahrt und der spirituellen Einkehr für Kaiser, Adlige und einfache Gläubige.
Die Architektur des Itsukushima-Schreins, insbesondere das "schwimmende" Torii, zeigt die tiefe Ehrfurcht vor der Natur und den Göttern. Die Insel selbst wurde als Gottheit betrachtet, und es war verboten, dort zu sterben oder geboren zu werden, um ihre Reinheit zu bewahren. Diese spirituelle und kulturelle Bedeutung prägt Miyajima bis heute und lässt die japanische Geschichte und Tradition erkennen.