Die Geschichte des Nationalparks Đerdap steht in untrennbarer Verbindung mit der Donau und ihrer Rolle als Lebensader und Grenze.. Die ältesten Spuren menschlicher Besiedlung finden sich in Lepenski Vir, einer prähistorischen Stätte, die Reste einer hoch entwickelten mesolithischen Kultur aus der Zeit um 7000-6000 v. Chr. zeigt. Die Fischmenschen-Skulpturen und die trapezförmigen Häuser geben einen Einblick in das Leben der frühen Donau-Bewohner und ihre spirituellen Praktiken.
In der Antike war die Donau eine Grenze des Römischen Reiches. Kaiser Trajan ließ hier im 2. Jahrhundert n. Chr. eine Straße und Brücke errichten, um seine Feldzüge gegen die Daker zu ermöglichen. Die Tabula Traiana, eine in den Fels gehauene Gedenktafel, ist noch heute erhalten und verweist auf diese Ingenieursleistungen. Später wurde die Region von Byzantinern, Slawen, Ungarn und Osmanen beherrscht, was kulturelle Einflüsse hinterließ, die sich in Architektur, Bräuchen und der lokalen Folklore zeigen.
Die jüngere Geschichte ist geprägt von der Schaffung des Nationalparks im Jahr 1974, der die Natur und das kulturelle Erbe dieser Region schützen soll. Das Eiserne Tor selbst, eine Abfolge von Schluchten und Becken, ist eine geologische Besonderheit und zugleich ein Symbol für die Kraft der Natur und die Anpassungsfähigkeit des Menschen, der sich über Jahrtausende hinweg an dieses raue, aber fruchtbare Land angepasst hat. Die Kultur der Region ist tief verwurzelt in den Traditionen der Fischer und Bauern, die seit Generationen an den Ufern der Donau leben.