Die Geschichte von Nea Kameni hängt mit der geologischen Entwicklung der Santorin-Caldera zusammen. Sie ist die jüngste Landmasse im Ägäischen Meer und entstand durch eine Reihe von vulkanischen Eruptionen, die nach dem katastrophalen Minoischen Ausbruch um 1600 v. Chr. stattfanden. Die Insel ist im Wesentlichen ein aktiver Vulkan, der sich über die Jahrhunderte hinweg durch sukzessive Lavaströme und Auswürfe aus dem Meer erhoben hat.
Die erste dokumentierte Eruption, die zur Bildung von Nea Kameni führte, ereignete sich im Jahr 1570, gefolgt von weiteren bedeutenden Ausbrüchen in den Jahren 1707-1711, 1866-1870, 1925-1928, 1939-1941 und zuletzt 1950. Jeder dieser Ausbrüche trug dazu bei, die Insel zu formen und zu vergrößern, wobei die verschiedenen Lavaströme und Krater deutlich sichtbar sind und die geologische Geschichte der Insel erzählen. Die Insel ist ein Labor für Vulkanologen und ein anschauliches Beispiel für die Entstehung von Land.
Obwohl Nea Kameni keine menschliche Besiedlungsgeschichte oder antike Kulturstätten aufweist, ist ihre Geschichte eine der Naturgewalt und der kontinuierlichen Schöpfung. Die Insel gibt Einblick in die ständige Aktivität unter der Erdoberfläche und bietet Besuchern eine Gelegenheit, die rohe Kraft der Natur zu erleben. Die Fumarolen, aus denen Schwefeldämpfe aufsteigen, zeigen, dass unter den Füßen noch immer Energie schlummert.