Die Geschichte von San Juan de Gaztelugatxe hängt eng mit Legenden und dem Glauben zusammen. Die Einsiedelei auf dem Felsen soll bereits im 9. oder 10. Jahrhundert erbaut worden sein, obwohl die heutige Struktur mehrfach wiederaufgebaut wurde, insbesondere nach Bränden und Angriffen. Der Name 'Gaztelugatxe' selbst stammt aus dem Baskischen und bedeutet 'Felsenburg', was auf seine strategische Bedeutung in früheren Zeiten hinweist. Die Insel war Zeuge von Piratenüberfällen, Schlachten und Schiffswracks, die ihre Aura noch verstärken.
Die Legende besagt, dass der Heilige Johannes der Täufer selbst an diesem Ort gelandet sei und nur drei Schritte benötigte, um die Spitze des Felsens zu erreichen. Einer dieser Fußabdrücke soll noch heute auf dem Weg zu sehen sein. Die Tradition, die Glocke der Einsiedelei nach dem Aufstieg dreimal zu läuten, dient dazu, sich etwas zu wünschen, aber auch, um böse Geister zu vertreiben und den Heiligen zu ehren. Diese Bräuche zeigen die Bedeutung des Ortes für die lokale Bevölkerung und Pilger.
San Juan de Gaztelugatxe ist auch ein Symbol der baskischen Kultur und Identität. Die baskische Sprache (Euskera), die älteste lebende Sprache Europas, und die Traditionen der Region sind hier überall spürbar. Der Ort verkörpert die Widerstandsfähigkeit und den Stolz der Basken, die über Jahrhunderte hinweg ihre Kultur bewahrt haben. Der Besuch ist eine Reise durch die Natur und zugleich ein Einblick in die Geschichte und die Kultur des Baskenlandes.