Shopping auf Santa Cruz konzentriert sich hauptsächlich auf Puerto Ayora und bietet eine Mischung aus Souvenirs, lokalen Handwerksprodukten und praktischen Reiseartikeln. Entlang der Hauptstraße, der Avenida Charles Darwin, finden sich kleine Geschäfte und Boutiquen, die Andenken anbieten. Hier können Besucher handgeschnitzte Holzfiguren, Schmuck aus Lavagestein oder Samen, T-Shirts mit Tiermotiven und Postkarten erwerben, die an die Tierwelt der Galapagosinseln erinnern.
Einige Geschäfte bieten auch hochwertige Kunsthandwerke an, die von lokalen Künstlern oder indigenen Gemeinschaften vom Festland stammen. Es lohnt sich, nach Produkten Ausschau zu halten, die aus nachhaltigen Materialien hergestellt wurden und die lokale Wirtschaft unterstützen. Viele der Souvenirs sind direkt von den Tieren der Galapagosinseln inspiriert, wie etwa Nachbildungen von Blaufußtölpeln, Riesenschildkröten oder Meerechsen.
Neben den Souvenirläden gibt es in Puerto Ayora auch einige kleine Supermärkte, Apotheken und Outdoor-Läden, die grundlegende Bedarfsartikel für Reisende führen, wie Sonnencreme, Insektenschutzmittel oder Schnorchelausrüstung. Obwohl die Auswahl nicht so groß ist wie in größeren Städten auf dem Festland, findet man doch das Nötigste. Bargeld (US-Dollar) für kleinere Einkäufe und lokale Märkte sollte man dabei haben, obwohl Kreditkarten in vielen größeren Geschäften und Restaurants akzeptiert werden.