Die Geschichte von Kangaroo Island ist mit der Kultur der Aborigines verbunden, insbesondere mit den Kaurna-Menschen, die das Land seit Tausenden von Jahren bewohnten. Obwohl es auf der Insel selbst keine dauerhaften Aborigine-Siedlungen gab, nutzten sie die Insel für Jagd und Zeremonien, und archäologische Funde belegen ihre Präsenz. Die europäische Entdeckung erfolgte 1802 durch Matthew Flinders, der die Insel nach den dort gefundenen Kängurus benannte.
Nach der Entdeckung wurde Kangaroo Island zunächst von Robben- und Walfängern als Basis genutzt, bevor die erste offizielle europäische Siedlung in Kingscote im Jahr 1836 gegründet wurde – die erste in Südaustralien. Die Insel entwickelte sich langsam zu einem Zentrum für Landwirtschaft und Tourismus, wobei die Flora und Fauna stets im Mittelpunkt stand. Die isolierte Lage trug dazu bei, dass viele Tierarten, wie die reinrassigen ligurischen Bienen, hier ungestört gedeihen konnten.
Heute ist Kangaroo Island ein Vorreiter im Naturschutz, insbesondere nach den verheerenden Buschbränden von 2019/2020, die große Teile der Insel betrafen. Die Bemühungen zum Wiederaufbau und zum Schutz der Tierwelt, einschließlich der Seelöwen in Seal Bay, sind von zentraler Bedeutung.