Tell el-Amarna ist der Schauplatz einer der radikalsten Perioden der altägyptischen Geschichte, der sogenannten Amarna-Zeit. Unter Pharao Echnaton (ca. 1353–1336 v. Chr.) wurde hier die neue Hauptstadt Achet-Aton, "Horizont des Aton", gegründet. Echnaton brach mit den Jahrtausende alten Traditionen und führte den Monotheismus ein, indem er den Sonnengott Aton als einzigen Gott verehrte und alle anderen Kulte verbot. Dies führte zu einer kulturellen und religiösen Revolution, die sich auch in der Kunst niederschlug.
Die Amarna-Kunst zeichnet sich durch eine Abkehr von den starren, idealisierten Darstellungen früherer Epochen aus. Figuren wurden naturalistischer, oft mit übertriebenen Merkmalen dargestellt, und zeigten eine größere Emotionalität und Intimität, insbesondere in den Darstellungen der Königsfamilie. Diese künstlerische Freiheit war beispiellos in der ägyptischen Geschichte. Nach Echnatons Tod wurde Achet-Aton schnell aufgegeben, und seine Nachfolger, allen voran Tutanchamun, kehrten zum traditionellen Polytheismus zurück. Die Stadt wurde demontiert und ihre Monumente zerstört, um die Erinnerung an die "ketzerische" Periode auszulöschen.
Die Ausgrabungen in Tell el-Amarna haben jedoch Einblicke in diese kurze, aber intensive Epoche ermöglicht. Sie offenbaren die Überreste der königlichen Paläste und Tempel sowie Wohnviertel, Werkstätten und Gräber, die das Leben der Menschen in dieser Stadt dokumentieren. Die Entdeckung der Amarna-Briefe, eine Sammlung von Tontafeln mit diplomatischer Korrespondenz, hat zudem unser Verständnis der internationalen Beziehungen Ägyptens in dieser Zeit grundlegend verändert.