Die Waitomo Caves sind auch tief in der Geschichte und Kultur der Maori verwurzelt. Der Name "Waitomo" selbst stammt aus der Maori-Sprache: "Wai" bedeutet Wasser und "tomo" bedeutet Doline oder Schacht, was die Entstehung dieser Höhlen beschreibt. Die Höhlen wurden erstmals 1887 von einem lokalen Maori-Häuptling namens Tane Tinorau und einem englischen Landvermesser, Fred Mace, erkundet. Sie entdeckten die Glühwürmchenhöhle und waren die ersten, die auf einem Floß in die unterirdische Welt vordrangen.
Geologisch gesehen sind die Waitomo Caves ein Paradebeispiel für ein Karstsystem, das über Millionen von Jahren entstanden ist. Regenwasser, das durch den Kalkstein sickert, löst das Gestein auf und bildet so ein komplexes Netzwerk aus Höhlen, Grotten und unterirdischen Flüssen. Die Stalaktiten (von der Decke hängend) und Stalagmiten (vom Boden aufsteigend) sind das Ergebnis von Jahrtausenden, in denen mineralhaltiges Wasser langsam tropfte und Kalziumkarbonat ablagerte.
Für die Maori waren die Höhlen seit jeher von großer Bedeutung, als Schutzräume und als spirituelle Orte. Die lokalen Iwi (Stämme) haben eine Verbindung zu diesem Land und seinen Naturwundern. Auch heute noch spielen sie eine wichtige Rolle im Management und der Bewahrung der Höhlen, und ihre Geschichten und Traditionen gehören zum Besuchererlebnis. Der Schutz der empfindlichen Ökosysteme in den Höhlen, insbesondere der Glühwürmchen, hat höchste Priorität, um dieses Erbe für zukünftige Generationen zu bewahren.